Ebenfalls 1909 gründete er zusammen mit u. a. Wassily Kandinsky, Alexej von Jawlensky, Adolf Erbslöh, Gabriele Münter, Marianne von Werefkin und Karl Hofer die Neue Künstlervereinigung München, einen Vorgänger des Blauen Reiters, und beteiligte sich 1911 an dessen ersten Ausstellung. Er illustrierte ca. 60 Bücher, darunter Werke von Dostojewski und Edgar Allan Poe, veröffentlichte druckgrafische Mappenwerke (1921 „Am Rande des Lebens, 1918 „Ein Totentanz, 1941 „Abenteuer einer Zeichenfeder) und hinterließ tausende Federzeichnungen.
Kubin verstarb am 20. August 1959 in Zwickledt und wurde auf dem Friedhof in Wernstein beerdigt.
Sein Werk befindet sich heute teils in der Staatlichen Grafischen Sammlung Albertina in Wien, teils im Oberösterreichischen Landesmuseum Linz. Seit 1962 gibt es in Zwickledt die „Kubin-Gedenkstätte (vom Oberösterreichischen Landesmuseum betreut seit 1992). Beim Kulturpreis des Landes Oberösterreich wird auch ein Alfred-Kubin-Preis verliehen